На мой взгляд, самый важный момент, в том, как работать с репозиторием - это понять как переключатся между ветками, как их между собой сравнивать. Для этого внизу экрана есть кнопка в правом нижнем углу, где должна быть написана ветка master. Если вы её нажмете, то вы увидите окошко со списком локальных веток, список удаленных веток, и кнопки для того, чтобы создать новую ветку или переключится на на какую-то отметку. Самое полезное здесь - это возможность быстро создать ветку из удаленной. К примеру, если вы между собой в команде договорились, что главной веткой является master, вы стараетесь, чтобы у вас были максимально стабильные исходники, максимально все хорошо работало, и вы садитесь за новую задачу, то будет хорошо, если ветка новой задачи начинается из ветки master, но не из того, который локальный, (который написан сверху и может быть у нас не актуальный, старый), а из удаленного master. Надо сделать checkout для какой-нибудь ветки, локально переключится на эту ветку, создать её локальную копию. И теперь переключаемся на ветку, которая, условно говоря, растет из удаленной ветки. Таким образом, можно создавать свою ветку из существующей.